המבנה של מגרד בוצה מורכב בעיקר מארבעה מרכיבים עיקריים: מערכת התמיכה, מנגנון הסיבוב, מנגנון הגרידה ומערכת ההנעה. מערכת התמיכה כוללת בדרך כלל עמוד מרכזי, קורות תמיכה וסוגריים צדדיים של מיכל-; תפקידו הוא לעגן את כל המגרד בתוך מיכל שיקוע או מעבה, ובכך להבטיח שהציוד פועל בצורה חלקה. מערכת התמיכה בנויה בדרך כלל מפלדת פחמן או מפלדת אל חלד, בעלת חוזק וקשיחות מספיקים כדי לעמוד בכוחות הנוצרים על ידי תנועת המגרד וכן בעומס המוטל על ידי בוצה שהצטברה.
מרכיב הליבה של מגרד הבוצה הוא מנגנון הגרידה. מנגנון זה כולל להבי מגרד, זרועות מגרד ותומכי להבים; זרועות המגרד מסתובבות-או סביב ציר מרכזי או לאורך מסגרת תמיכה קבועה-או מבצעות תנועה הדדית כדי לטאטא באופן אחיד את הבוצה או המוצקים המרחפים שהתיישבו בתחתית המיכל לכיוון מוצא פליטת הבוצה. להבי המגרד מיוצרים בדרך כלל מחומרים עמידים לבלאי- ועשויים להיות מצוידים בציפוי גומי או ציפוי פוליאוריטן כדי לשפר את יעילות הגרידה ולהאריך את חיי השירות שלהם. ניתן להתאים את עיצוב מנגנון הגרידה בהתבסס על גורמים כמו קוטר המיכל, עובי המשקעים ויכולת העיבוד, ובכך להבטיח הזרמת בוצה יעילה ואחידה.
מערכת ההנעה ומנגנון הסיבוב אחראים על העברת הכוח והבטחת סיבוב יציב של מגרד הבוצה. מערכת ההנעה מורכבת בדרך כלל ממנוע, מפחית מהירות וציר הילוכים; הכוח מועבר למנגנון הגרידה באמצעות גלגלי שיניים, שרשראות או התקנים הידראוליים, המאפשרים סיבוב- קבוע או מהירות- משתנה. מנגנון הסיבוב תומך בתנועה של זרועות המגרד -באמצעות ציר מרכזי או מסילות מובילות- ובכך מבטיח פעולות גירוד חלקות ומתמשכות. יתר על כן, מגרדי בוצה מודרניים יכולים להיות מצוידים במערכות בקרה אוטומטיות לוויסות מושכל של פרמטרים כגון מהירות להב, מחזורי פריקת בוצה ורמות נוזל, ובכך לשפר את היעילות התפעולית והאמינות של הציוד.
